在國內(nèi)，目前根治先天性巨結(jié)腸的唯一方法就是手術(shù)治療，絕大部分的先天性巨結(jié)腸通過手術(shù)都可治愈，給患兒減輕了很多痛苦。不過也并不是所有的先天性巨結(jié)腸患兒都適合手術(shù)治療。

一般來說，如果是輕癥的先天性巨結(jié)腸患兒病變的腸段較短，便秘的癥狀不是特別嚴重可使用非手術(shù)療法進行暫時治療，比如使用滲鹽水洗腸，擴肛等等方法減少糞便的淤積，輕癥的患兒如果使用此方法治療無效，就必須改為手術(shù)療法。

手術(shù)療法包括結(jié)腸造瘺、根治手術(shù)。結(jié)腸造瘺適用于條件無法達到使用根治手術(shù)來治療先天性巨結(jié)腸的孩子，對于病情特別嚴重的患兒也可使，使用此方法進行治療。

普通型、短段型、長段型這三類先天性巨結(jié)腸都可通過手術(shù)治療的方法治愈該病，在手術(shù)治療后患兒恢復情況良好，對生長發(fā)育也沒有特別的影響。如果整個結(jié)腸以及回腸末端都已出現(xiàn)病變，這類特殊情況的患兒治療之后效果不太理想，需要謹慎對待這種類型的先天性巨結(jié)腸，這類患兒的比例大約可占到先天性巨結(jié)腸患兒總?cè)藬?shù)的2%以下。