有機(jī)大米不是轉(zhuǎn)基因大米，有機(jī)大米和轉(zhuǎn)基因大米是不同層次的概念。有機(jī)主要指生產(chǎn)方式，而轉(zhuǎn)基因更多在于育種方法上。

有機(jī)大米使用的是常規(guī)水稻育種。常規(guī)水稻是通過系統(tǒng)選育、雜交育種、輻射育種和化學(xué)誘變等方法培育的純系品種，目前我國種植的大米大部分品種均為常規(guī)水稻。常規(guī)水稻在整個(gè)研發(fā)過程中，從未涉及轉(zhuǎn)基因技術(shù)。而轉(zhuǎn)基因水稻是通過轉(zhuǎn)基因方法培育的水稻品種。所謂轉(zhuǎn)基因是將基因人工轉(zhuǎn)移的一種技術(shù)，它將人工分離和修飾過的基因轉(zhuǎn)移到生物體的基因組中，由于導(dǎo)入基因的表達(dá)，引起生物體性狀可遺傳的變異，利用這種變異培育新品種。例如，通過轉(zhuǎn)基因技術(shù)將胡蘿卜素轉(zhuǎn)化酶系統(tǒng)轉(zhuǎn)入到大米胚乳中可獲得外表為金黃色的轉(zhuǎn)基因大米。

我國規(guī)定優(yōu)質(zhì)大米的生產(chǎn)分為無公害、綠色和有機(jī)三大類，三者的差別在于生產(chǎn)時(shí)所要求的土、水、氣等環(huán)境條件和所用的化肥、農(nóng)藥等投入品不同，與使用品種無關(guān)，三者均需通過農(nóng)委相關(guān)管理部門的認(rèn)證。因此，有機(jī)大米只是優(yōu)質(zhì)大米的一種，與轉(zhuǎn)基因沒有關(guān)系。